Ce 1er juillet, Chypre prend la présidence tournante de l'Union européenne, et hérite du conflit qui oppose le Parlement européen au Conseil au sujet de Schengen. Les eurodéputés ne décolèrent pas depuis que les ministres de l'intérieur et de la justice des 27 ont décidé de les exclure du mécanisme de contrôle des accords de Schengen, et de permettre le rétablissement des contrôles aux frontières intérieures pour empêcher l'afflux massif d'immigrés.
En représailles, le Parlement européen a suspendu toute coopération avec le Conseil sur les dossiers relevant de la justice et des affaires intérieures, mettant à l'arrêt cinq procédures législatives, relatives à la réforme des accords de Schengen, la lutte contre les cyber-attaques, la décision d'enquête européenne, l'enregistrement des données des passagers du transport aérien et la partie du budget concernée. Comme le souligne Martin Schulz, le président du Parlement européen, c'est un fait sans précédent que l'un des colégislateurs exclue l'autre au milieu de la procédure, tout comme l'est la réponse unanime du Parlement européen, qui dénonce une véritable déclaration de guerre.
C'est aussi le premier clivage interinstitutionnel auquel le nouveau gouvernement français aura contribué, puisque Manuel Valls ne s'est pas démarqué des autres ministres de l'intérieur. Il explique que l'accord élaboré par la présidence danoise "permet de faire face à des situations graves qui peuvent arriver". L'eurodéputé socialiste français Harlem Désir considère le compromis comme légitime sur le fond, mais très critiquable sur la forme. La présidente de la délégation socialiste française Catherine Trautmann estime elle aussi que c'était une erreur d'exclure le Parlement européen du mécanisme de contrôle, et rappelle le Conseil à ses devoirs démocratiques.

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